南京环境科学学会于1982年2月成立，是南京地区环境科技工作者、环境工程技术人员、环境教育工作者、环境管理工作者、企业环保工作者、与环境保护事业有关人士以及单位团体等自愿组成并地方性的学术性非营利性的社会团体组织。

南京环境科学学会挂靠南京市环境保护局，业务上受江苏省环境科学学会指导。宗旨是组织全市环境科学技术工作者进行环境保护的学术交流、科学普及、技术咨询和服务。学会每5年换届一次。首届学会理事长为董健，第二届为季善益，第三届为卢复中，第四届为曾水金，第五届为孙永深，第六届和第七届为严苏扬，第八届包洪新。至2013年底，有会员642人。设有环境法制与管理专业委员会、环境监测与环境物理专业委员会、生态文明建设专业委员会、水环境保护专业委员会、大气环境保护专业委员会、土壤权地下水环境保护专业委员会、环境工程专业委员会、 固废管理专业委员会、环境健康专业委员会、环境咨询评估工作委员会、环境科普（信息）工作专业委员会等11个专业委员会。